上海伯豪三代測序服務(wù)助力梭狀芽胞桿菌研究
研究背景：
含碳氣體，如CO、CO2等，是重要的碳資源。構(gòu)建能夠高效利用含碳氣體的人工細胞工廠，實現(xiàn)將其生物轉(zhuǎn)化為石油基化學(xué)品，將為解決全球資源和能源問題開辟一條新路，對工業(yè)可持續(xù)發(fā)展具有重大意義。梭菌是一類重要的可利用含碳氣體產(chǎn)生各類化學(xué)品的厭氧微生物。而其中，Clostridium carboxidivorans P7T是為數(shù)不多的可合成長鏈醇（如正丁醇和己醇）的自養(yǎng)菌。鑒于Clostridium carboxidivorans P7T的良好工業(yè)應(yīng)用前景，其全基因組序列的完成對于在分子水平研究和改造該菌至關(guān)重要。
文章亮點：
1．首次完成該厭氧菌的全基因組精圖及注釋。
2．發(fā)現(xiàn)與其主要產(chǎn)物合成相關(guān)關(guān)鍵基因，為后續(xù)代謝工程改造奠定基礎(chǔ)。
結(jié)果分析：
我們利用二代測序儀MiSeq System和三代測序儀PacBio RS II system，成功完成P7的全基因組測序及拼接工作，并進行了全基因組注釋（圖1）。拼接及注釋結(jié)果表明：C. carboxidivorans P7全基因組總大小為5.73 Mbp，包含5,732,880 bp的環(huán)形染色體和19,902 bp的大質(zhì)粒，GC含量29.9%；利用NCBI PGAP預(yù)測共有4973個基因編碼序列，11個rRNA，71個tRNA(表1)。（該研究中PacBio RS II測序服務(wù)由上海伯豪生物技術(shù)有限公司提供）
圖1 C. carboxidivorans P7染色體圖譜
表1 本研究得到的C. carboxidivorans P7全基因組與已報道草圖比較結(jié)果
|
|
Bruant et al. (2010) |
Paul et al. (2010) |
本研究 |
|
測序平臺 |
454 FLX |
454 FLX |
PacBio RS II |
|
基因組大小 (Mbp) |
5.63 |
4.4 |
5.73 |
|
質(zhì)粒大小 (bp) |
19,899 |
− |
19,902 |
|
GC含量 (%) |
29.7 |
29.7 |
29.9 (c), 27.5 (p) |
|
CDS |
5,347 |
4,174 |
4,951(c)+22 (p) |
|
rRNAs (5S, 16S, 23S) |
4 |
3 |
11 |
|
tRNAs |
49 |
49 |
71 |
c: chrosome; p: plasmid; -: no data presented.
原文出處：Li N, Yang J, Chai C, Yang S, Jiang W, Gu Y. Complete genome sequence of Clostridium carboxidivorans P7(T), a syngas-fermenting bacterium capable of producing long-chain alcohols.J Biotechnol. 2015.
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