• 無便向性，適用于各類型樣本和代謝物；
• 適合于復(fù)雜基質(zhì)，單次檢測可獲得更多代謝物和代謝網(wǎng)絡(luò)信息；
• 自建3500+常見物質(zhì)標(biāo)品數(shù)據(jù)庫+購買各種商業(yè)數(shù)據(jù)庫+公共數(shù)據(jù)庫，超過十萬種代謝物信息；
• 全程人工校對，機器和人工只能輔助，使用保留時間、保留指數(shù)、質(zhì)核比和多級碎片離子信息進(jìn)行物質(zhì)定性，結(jié)果更準(zhǔn)，物質(zhì)數(shù)量更多。

1.數(shù)據(jù)檢查
對所有樣本的總離子流色譜圖（TIC）色譜圖進(jìn)行可視化檢查，如圖1：


2.數(shù)據(jù)預(yù)處理：
講儀器檢測得到的原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為通用格式，然后對質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行峰匹配，峰對齊和保留時間校正，得到去卷積的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。然后，對來自于同一個物質(zhì)的各個峰數(shù)據(jù)進(jìn)行歸屬分析。

3.多維統(tǒng)計分析：
對數(shù)據(jù)進(jìn)行后處理，將處理后的數(shù)據(jù)導(dǎo)入到SIMCA軟件進(jìn)行多維統(tǒng)計分析，在軟件中首先進(jìn)行Pareto格式化（par scaling）和平均中心化（mean-centering）處理，然后再進(jìn)行PCA、PLS-DA和OPLS-DA等多維統(tǒng)計分析。
● 3.1整體PCA分析和組件PLS-DA         
采用SIMCA軟件對整體樣本進(jìn)行PAC分析（主成分分析），用于解釋和分析各組樣本之間的代謝差異。如圖2：整體PCA分析


對樣本進(jìn)行PLS-DA分析（偏最小二乘法判別分析），用于分析組間的差異代謝物信息的顯著性，并進(jìn)行Permutation test （置換檢驗），結(jié)合模式的Q2和R2Y，驗證模型的可靠性。如圖3：組間樣本PLS-DA分析和Permutation test



● 3.2 組件OPLS-DA分析和volcano plot分析
為消除無關(guān)噪音信息及準(zhǔn)確獲得兩組樣本間的顯著性差異代謝物信息，我們采用組間OPLS-DA（正交偏最小二乘法判別分析）進(jìn)行分析，進(jìn)而獲得OPLS-DA模型和相關(guān)值（VIP值），作為下一步進(jìn)行差異物定性篩選的參考。并可對OPLS-DA分析的結(jié)果進(jìn)行Loading Plot 分析和S-plot 分析，另外使用R語言平臺進(jìn)行Volcano Plot （火山圖）分析。如圖4：組件樣本OPLS-DA分析和volcano plot分析、S-plot分析和Volcano Plot分析
4.單維統(tǒng)計分析
對數(shù)據(jù)進(jìn)行單維統(tǒng)計分析，dui對數(shù)據(jù)分別jin'xing進(jìn)行Shapiro Wilk's test、Welch's Test和Wilcoxon Mann-Whitney test（U test）。呈正態(tài)分布的變量則采用Wilk's test結(jié)果，而呈非正態(tài)分布的變量則采用Wilcoxon Mann-Whitney test結(jié)果，綜合得到各變量在各對比組之間的顯著性分析結(jié)果（p-value）

5.差異代謝物定性
多維統(tǒng)計分析（VIP>1）結(jié)合單維統(tǒng)計（p-value<0.05）尋找差異性表達(dá)代謝物，
采用軟件人工結(jié)合的方式，使用RT和特征M/Z(GC-MS)或精確分子量和二級質(zhì)譜（LC-MS）與數(shù)據(jù)庫進(jìn)行逐一對比分析，差異性代謝物的定性方法為：搜索自建的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)數(shù)據(jù)庫、Fiehn GC/MS Metabolomics RTL Library 、Golm Metabolome Database、Metlin、HMDB、KEGG、Lipid和NIST等商業(yè)數(shù)據(jù)庫。差異物列表示例如表1：組間樣本的差異性代謝物示例

6.相關(guān)性分析
●6.1 Pearson Correlation 分析
為了表征各差異性代謝物之間的（濃度）相關(guān)性，我們會對這些物質(zhì)的定量信息經(jīng)行Pearson Correlation分析。如圖5：差異性代謝物的相關(guān)性矩陣圖

●6.2熱圖分析：
為了表示差異物之間的聚類關(guān)系，我們會對這些物質(zhì)的定量信息進(jìn)行熱圖分析，如圖6：差異性代謝物的熱圖


7.代謝通路分析
●7.1代謝通路進(jìn)行歸類分析
我們采用KEGG數(shù)據(jù)庫對每個差異代謝物所屬的代謝通路進(jìn)行歸類分析，如圖7：差異性代謝物所屬KEGG代謝通路實例


●7.2metametabonanalyst pathway分析
我們用軟件metametabonanalyst對差異性代謝物進(jìn)行pathway analysis，metabolome view如圖8所示：


Pathway views如表2所示，total表示該途徑所含的代謝物總數(shù)，hits表示該途徑含有差異性代謝物數(shù)，-log（p）表示圖8縱坐標(biāo)值，impact表示圖8橫坐標(biāo)值。參數(shù)如表2組間樣本的pathway view所示：