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生物研發(fā)服務(wù)

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

真核生物全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定組織或細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，主要包括 mRNA, LncRNA和環(huán)狀RNA 。

服務(wù)類別：	測(cè)序/合成	總訪問(wèn)：	1557
最后更新：	2021-8-19	半年訪問(wèn)：	77
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服務(wù)商：上海云序生物科技有限公司

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公司簡(jiǎn)介

技術(shù)簡(jiǎn)介

真核生物全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定組織或細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，主要包括 mRNA, LncRNA和環(huán)狀RNA 。常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組分析僅通過(guò)Oligo(dT)法對(duì)mRNA進(jìn)行富集和分析，會(huì)導(dǎo)致包括環(huán)狀RNA和相當(dāng)比例的LncRNA丟失，無(wú)法準(zhǔn)確，全面的反映真實(shí)的轉(zhuǎn)錄組信息。云序生物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)采用最優(yōu)的樣品預(yù)處理和建庫(kù)方案，能夠同時(shí)檢測(cè)樣品中的mRNA，LncRNA和環(huán)狀RNA, 獲取最全面的轉(zhuǎn)錄組信息，進(jìn)而針對(duì)不同類型的RNA進(jìn)行表達(dá)分析，結(jié)構(gòu)研究，變異研究以及全新轉(zhuǎn)錄本的發(fā)現(xiàn)。

云序優(yōu)勢(shì)

全面的檢測(cè)所有類型的RNA：

常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序采用Oligo d(T)法純化帶Poly(A)尾巴的RNA分子。然而很多熱門(mén)的RNA分子，如環(huán)狀RNA和部分LncRNA，沒(méi)有Poly(A)尾巴，因此在處理過(guò)程中會(huì)被丟失掉。云序生物擁有市面上最全的，針對(duì)不同物種的去rRNA試劑盒，能夠全面保留所有類型的RNA信息

適用于降解樣品：

云序生物采用特有的，可適用于降解樣品的試劑盒，能夠最大程度的保留降解樣品中的RNA信息。尤其適合于臨床樣品的轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)

鏈特異性檢測(cè)：

很多基因位點(diǎn)會(huì)生成轉(zhuǎn)錄方向相反的、具有重要調(diào)控功能的反義RNA。常規(guī)的建庫(kù)方法無(wú)法區(qū)分這些反義RNA，而云序生物采用鏈特異性的建庫(kù)方法，可以準(zhǔn)確檢測(cè)反義RNA，從而提供更全面的轉(zhuǎn)錄組信息

一站式服務(wù)：

客戶只需提供細(xì)胞，組織，體液或總RNA，云序生物為您完成從樣品準(zhǔn)備，文庫(kù)制備，上機(jī)測(cè)序到數(shù)據(jù)分析整套服務(wù)流程

專業(yè)化的生物信息分析：

云序生物具有強(qiáng)大的生物信息學(xué)團(tuán)隊(duì)，能夠滿足客戶的各類深入數(shù)據(jù)分析要求

樣本要求

樣品類型：

組織、細(xì)胞、體液、總RNA。其它類型樣品請(qǐng)?jiān)斣儭?/div>

樣品量：

a) 細(xì)胞 2×10⁷

b) 組織100 mg

c) 體液：全血、血清、血漿 2-3 mL

腦脊液 5ml

尿液 50ml

d) 總RNA 2μg （OD260/280≥1.8；OD260/230≥1.5無(wú)明顯降解，電泳檢測(cè)樣品特征性條帶完整清晰，無(wú)明顯彌散或拖尾）

樣品運(yùn)輸及保存：

樣品運(yùn)輸：樣品置于1.5mLEppendorf管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。

樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理，液氮凍存后-80℃保存；血液樣品應(yīng)使用EDTA抗凝，不可用肝素；RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，避免反復(fù)凍融。

數(shù)據(jù)分析

1、差異表達(dá)mRNA/環(huán)狀RNA/LncRNA篩選

根據(jù)高通量測(cè)序結(jié)果，篩選出（Fold Change≥2， P值≤ 0.05）差異表達(dá)mRNA/環(huán)狀RNA/LncRNA。

注：Fold Change代表差異程度，P值代表差異的顯著性，篩選中采用的倍數(shù)變化會(huì)根據(jù)具體數(shù)據(jù)情況進(jìn)行調(diào)整。

2、差異表達(dá)mRNA/環(huán)狀RNA/LncRNA的聚類

3、差異表達(dá)mRNA/環(huán)狀RNA/LncRNA的GO和信號(hào)通路分析

對(duì)差異mRNA/環(huán)狀RNA/LncRNA的來(lái)源基因進(jìn)行功能和信號(hào)通路富集分析，以便推斷mRNA/環(huán)狀RNA/LncRNA的功能。

4、LncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（CNC網(wǎng)絡(luò)）構(gòu)建

利用LncRNA與mRNA的共表達(dá)關(guān)系，構(gòu)建LncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖，幫助發(fā)現(xiàn)LncRNA的靶基因，并推斷LncRNA的功能

5、競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA（ceRNA）分析

通過(guò)circRNA-miRNA相互作用網(wǎng)絡(luò)分析，可以幫助解析作為miRNA海綿發(fā)揮作用的環(huán)狀RNA的功能以及作用機(jī)制。

6、circRNA-miRNA-gene網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

一些LncRNA可以通過(guò)與miRNA結(jié)合，調(diào)節(jié)miRNA靶基因的表達(dá)。通過(guò)LncRNA-miRNA-mRNA關(guān)聯(lián)分析，可以幫助推斷作為miRNA海綿發(fā)揮作用的LncRNA以及作用機(jī)制。

案例解析

案例1：前列腺癌的全轉(zhuǎn)錄組分析
RNA-seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifis recurrent gene fusions,cancer-associated long noncoding RNAs and aberrantalternative splicings, Ren et al. Cell Res,2012

本文通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析了14對(duì)前列腺癌組織和相應(yīng)的癌旁組織，發(fā)現(xiàn)在不同的前列腺癌樣品中在基因融合，lncRNA表達(dá)，可變剪切和點(diǎn)突變等方面均存在著巨大的差異。在這14個(gè)前列腺癌樣品中，有3個(gè)（21.4%）存在著TMPRSS2-ERG基因融合。通過(guò)擴(kuò)大樣品量，還發(fā)現(xiàn)了2個(gè)新的基因融合CTAGE5-KHDRBS3和USP9Y-TTTY15。此外，通過(guò)表達(dá)分析發(fā)現(xiàn)了許多LncRNA在前列腺癌中差異表達(dá)。LncRNA和mRNA的表達(dá)相關(guān)性分析表明：LncRNA可能不僅僅在轉(zhuǎn)錄過(guò)程中發(fā)揮基因調(diào)控作用。

圖1. 三個(gè)前列腺癌樣品中的TMPRSS2-ERG 基因融合

圖2. LncRNA與蛋白編碼基因的表達(dá)相關(guān)性熱圖

圖3. 前列腺癌的基因組不同位置上的體突變分布

圖4.14個(gè)前列腺癌樣品中的可變剪切事件的基因組圖譜

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