基因本體論(Gene Ontology, GO)[1]是一個(gè)被廣泛使用的生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，它由兩個(gè)方面組成：其一為本體自身，即由生物學(xué)家定義好的詞條以及它們之間的結(jié)構(gòu)化關(guān)系；其二為基因產(chǎn)物和詞條之間的關(guān)系，即基因本體注釋。本體是某一專門領(lǐng)域的有嚴(yán)格約束的功能詞匯或稱作功能類，它們通過有向無環(huán)圖（Directed Acyclic Graph, DAG）的形式將嚴(yán)格定義的不同功能類之間的關(guān)系組織起來。GO是跨越原核生物與真核生物各物種的基因功能分類體系，分為三個(gè)獨(dú)立的ontology, 分別是生物過程(biological process, BP)，分子功能（molecular function, MF），和細(xì)胞組分(cellular component, CC)。GO分析是對(duì)這三個(gè)ontology分別進(jìn)行分析。更多的內(nèi)容可以參考gene ontology官網(wǎng)http://www.geneontology.org。這方面進(jìn)一步的學(xué)習(xí)可以參加由上海生咨生物（www.biorefer.com）組織的研習(xí)班, 示例視頻http://www.biorefer.com/biorefer/flv/playflv.php?id=14。

我們對(duì)GO分析對(duì)于有功能注釋的物種和對(duì)功能注釋缺少的物種采用二種不同的方法進(jìn)行分析。有功能注釋的物種，如人類、大鼠、小鼠通常我們采用DAVID（The Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery）[2]進(jìn)行分析。DAVID是一個(gè)生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)，整合了生物學(xué)數(shù)據(jù)和分析工具，為大規(guī)模的基因或蛋白列表（成百上千個(gè)基因ID或者蛋白ID列表）提供系統(tǒng)綜合的生物功能注釋信息。DAVID的使用非常廣，有超過2.6篇的引用。提交分析列表獲得結(jié)果之后，采用內(nèi)部的用Perl和R開發(fā)的DAVIDPipeline軟件進(jìn)行繪圖。對(duì)于沒有功能注釋的物種，如果有蛋白質(zhì)序列優(yōu)先選用蛋白質(zhì)序列，采用BLAST+軟件(version: 2.2.30+)與GO序列數(shù)據(jù)庫(kù)（****年**月**日更新）進(jìn)行比對(duì)，選擇E-value<1e-8且相似度大于30%的序列的匹配最好的序列的注釋做為GO注釋，同時(shí)采用Interproscan軟件(version: 5.25-64.0 )進(jìn)行GO功能注釋預(yù)測(cè)。將兩種方法得到的GO注釋合并后，采用[****年**月**日]更新的GO數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)GO功能進(jìn)行分類分析。對(duì)于選取差異表達(dá)基因或者差異表達(dá)蛋白，以[****]為背景參照，然后采用Fisher’s exact test方法，檢驗(yàn)該功能模塊中是否非隨機(jī)地富集了差異基因。

GO分析結(jié)果主要包括GO功能分類結(jié)果和GO功能富集結(jié)果。

GO功能分類分析

GO功能分類是在某一功能層次上統(tǒng)計(jì)蛋白或者基因的數(shù)目或組成，往往是在GO的第二層次。此外也有研究都挑選一些Term，而后統(tǒng)計(jì)直接對(duì)應(yīng)到該Term的基因或蛋白數(shù)。目的是展示數(shù)據(jù)集大概的GO功能情況，我們提供幾種不同風(fēng)格的圖形以供選擇。

GO功能富集分析

GO功能富集目的是為了獲得相對(duì)于本底參照顯著富集的功能類別,通過該項(xiàng)分析可以找出在統(tǒng)計(jì)上顯著富集的.該功能或者定位有可能與研究的目前有關(guān)。我們也提供了幾種不同的風(fēng)格的圖形以供選擇。

其它結(jié)果

篩選出的細(xì)胞定位