（一）利用分子大小
1、透析：將待提純蛋白質(zhì)放在透析袋中放在蒸餾水中進(jìn)行 。原理：利用蛋白質(zhì)分子不能透過半透膜的性質(zhì)，使蛋白質(zhì)和其他小分子物質(zhì)如無機(jī)鹽、單糖、水等分開。
2、超過濾：利用壓力和離心力，強(qiáng)行使其他小分子和水通過半透膜，而蛋白質(zhì)留在膜上。
3、凝膠過濾層析。原理：當(dāng)不同分子大小的蛋白質(zhì)混合物流進(jìn)凝膠層析柱時，比凝膠網(wǎng)孔大的分子不能進(jìn)入珠內(nèi)網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)，排阻在凝膠珠以外，在凝膠珠縫隙間隙中向下移動。而比孔小的分子不同程度地進(jìn)入凝膠珠內(nèi)，這樣由于不同大小分子所經(jīng)歷的路徑不同而到分離。

（二）利用溶解度差別
4、等電點(diǎn)沉淀。
原理：不同蛋白質(zhì)具有不同的等電點(diǎn)，當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)混合物調(diào)到其中一種蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)時，這種蛋白質(zhì)大部分和全部被沉淀下來.。
5、鹽析與鹽溶 。
原理：低濃度時，中性鹽可以增加蛋白質(zhì)溶解度這種現(xiàn)象稱為鹽溶.當(dāng)離子強(qiáng)度增加，足夠高時，例如飽和或半飽和程度，很多蛋白質(zhì)可以從水中沉淀出來，這種現(xiàn)象稱為鹽析。

（三）根據(jù)電荷不同
6、SDS-PAGE 全稱 十二烷基硫酸鈉—聚丙烯酰胺凝膠電泳。
原理：通過加熱和SDS可以使蛋白質(zhì)變性，多亞基的蛋白質(zhì)也解離為單亞基，處理后的樣品中肽鏈?zhǔn)翘幱跓o二硫鍵連接的，分離的狀態(tài)。電泳時SDS-蛋白質(zhì)復(fù)合物在凝膠中的遷移率不再受蛋白質(zhì)原有電荷和形狀的影響，而主要取決于蛋白質(zhì)分子量。所以SDS-PAGE常用來分析蛋白質(zhì)的純度和大致測定蛋白質(zhì)的分子量。
7、離子交換層析。
原理：氨基酸分離常用陽離子交換樹脂，樹脂被處理成鈉型，將混合氨基酸上柱，氨基酸主要以陽離子形式存在，在樹脂上與鈉離子發(fā)生交換，而被掛在樹脂上。