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使用FIDA篩選技術(shù)一分鐘單濃度獲得親和力Kd的方法介紹

瀏覽次數(shù):211 發(fā)布日期:2025-3-20  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

在藥物研發(fā)的漫漫征途中,分子間相互作用的定量分析至關(guān)重要,快速尋找能夠精準(zhǔn)結(jié)合目標(biāo)分子的小分子抑制劑或促進(jìn)劑,一直是科學(xué)家們不懈追求的目標(biāo)。傳統(tǒng)的高通量篩選(HTS)技術(shù)雖能快速篩選大量化合物,但往往只能提供定性或半定量的結(jié)果,且存在大量假陽(yáng)性和假陰性。傳統(tǒng)定量方法(SPR, BLI, ITC)通常需要重復(fù)測(cè)量稀釋系列,以便生成滴定曲線并測(cè)量平衡解離常數(shù)(Kd),但這些方法受限于它們?cè)趲资昼姺秶鷥?nèi)的中低通量能力,才可獲得單個(gè)配體的解離常數(shù)。其中表面等離子共振(SPR)、生物層干涉法(BLI)雖然能夠提供詳細(xì)的結(jié)合親和力和動(dòng)力學(xué)信息,但基于表面的技術(shù),需要復(fù)雜的表面化學(xué)優(yōu)化,且對(duì)緩沖液兼容性和分析物的表面吸附敏感;等溫滴定量熱法(ITC)雖然是溶液中的技術(shù),但需要大量的樣品,對(duì)于珍貴或稀有的材料不夠?qū)嵱茫@些限制促使科學(xué)家們尋找更高效、更通用的分析技術(shù)。如今,一種名為cSPRING(Continuous Titration Based Spectral Related Intensity Change)的新興技術(shù),它將FIDA(層流誘導(dǎo)分散分析)與光譜位移技術(shù)相結(jié)合,以在單個(gè)濃度樣品中測(cè)量Kd,作為一種溶液內(nèi)方法,可將樣品制備時(shí)間減少8倍,并且僅需要納克蛋白質(zhì)。cSPRING可在一分鐘內(nèi)通過(guò)單濃度樣品測(cè)量Kd,突出了其效率和篩選應(yīng)用的潛力,有望對(duì)傳統(tǒng)小分子定量篩選市場(chǎng)這一領(lǐng)域帶來(lái)新的曙光。

技術(shù)原理

在深入了解 cSPRING 的優(yōu)勢(shì)之前,我們先來(lái)剖析兩種技術(shù)——cSPRING 和 dSPRING 的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和原理。在 dSPRING(離散滴定法)中,研究人員需要準(zhǔn)備一系列不同濃度的分析物溶液,通常通過(guò) 2 倍稀釋系列來(lái)實(shí)現(xiàn)。每個(gè)濃度點(diǎn)都需要單獨(dú)測(cè)量,生成完整的滴定曲線。實(shí)驗(yàn)中,熒光標(biāo)記的指示劑(如蛋白質(zhì))與不同濃度的配體混合后,通過(guò)Capflex方式進(jìn)行檢測(cè)。熒光信號(hào)呈高斯分布,通過(guò)雙高斯擬合提取擴(kuò)散系數(shù)和熒光強(qiáng)度,最終得到平衡解離常數(shù)(Kd)(Figure 1A)。

cSPRING(連續(xù)滴定法)技術(shù)基于FIDA(層流誘導(dǎo)分散分析)與光譜位移技術(shù),通過(guò)在毛細(xì)管中自動(dòng)創(chuàng)建連續(xù)的濃度梯度,實(shí)現(xiàn)對(duì)非共價(jià)相互作用的快速定量分析。具體來(lái)說(shuō),F(xiàn)IDA利用層流條件下熒光溶質(zhì)的濃度分布,精確測(cè)定擴(kuò)散系數(shù)和流體動(dòng)力學(xué)半徑。而cSPRING結(jié)合了FIDA和光譜位移檢測(cè),通過(guò)測(cè)量熒光團(tuán)的發(fā)射光譜變化來(lái)反映分子間相互作用。實(shí)驗(yàn)中只需準(zhǔn)備兩個(gè)樣品:一個(gè)是完全結(jié)合狀態(tài)(高濃度分析物與指示劑混合),另一個(gè)是未結(jié)合狀態(tài)(僅指示劑)。通過(guò)在毛細(xì)管中自動(dòng)創(chuàng)建連續(xù)的濃度梯度,模擬傳統(tǒng)的滴定曲線。配體在毛細(xì)管中以泰勒分散的方式形成時(shí)間依賴的濃度分布,而指示劑濃度保持恒定(Figure 1B)。
 

Figure 1 的展示,我們可以清晰地看到 cSPRING 和 dSPRING 在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)上的關(guān)鍵區(qū)別。dSPRING 更適合高精度的詳細(xì)分析,而 cSPRING 則以其高效、快速的特點(diǎn),成為高通量篩選的理想選擇。

應(yīng)用案例
文章中,研究人員選擇了雞卵清溶菌酶(HEWL)與三乙酰氨基葡萄糖(NAG3)作為模型體系。HEWL被標(biāo)記上對(duì)環(huán)境變化敏感的Cy5熒光染料,當(dāng)NAG3與HEWL結(jié)合時(shí),熒光團(tuán)的微環(huán)境發(fā)生變化,導(dǎo)致其發(fā)射光譜的比率變化。通過(guò)在兩個(gè)光譜帶(λ1=663–685 nm和λ2=685–737 nm)中測(cè)量熒光強(qiáng)度的比率(F2/F1),研究人員能夠?qū)崟r(shí)監(jiān)測(cè)結(jié)合過(guò)程。

Figure 2 展示了cSPRING技術(shù)在HEWL-NAG3體系中的應(yīng)用。圖2A是一個(gè)dSPRING離散滴定曲線,顯示了在不同NAG3濃度下,HEWL與NAG3結(jié)合的比率熒光信號(hào)變化,擬合得到的Kd值為7.2±0.7 μM,與文獻(xiàn)報(bào)道的10 μM非常接近。圖2B則展示了cSPRING實(shí)驗(yàn)中記錄的熒光信號(hào),通過(guò)擬合得到的Kd值為10.4±0.8 μM,與dSPRING的結(jié)果一致。圖2C進(jìn)一步驗(yàn)證了cSPRING的重復(fù)性和可靠性,三次重復(fù)實(shí)驗(yàn)的Kd值高度一致,平均值為10.4±0.8 μM。

為了進(jìn)一步驗(yàn)證 cSPRING 技術(shù)的高效性和準(zhǔn)確性,研究人員選擇了牛碳酸酐酶 II(bCAII)作為模型體系。bCAII 是一種廣泛研究的酶,它與多種小分子抑制劑的相互作用已被詳細(xì)表征。

Figure 3 則展示了cSPRING技術(shù)在牛碳酸酐酶II(bCAII)與三種不同抑制劑(乙酰唑胺、呋塞米、4-羧基苯磺酰胺)體系中的應(yīng)用。這些抑制劑的Kd值范圍從20 nM到1 μM,cSPRING技術(shù)能夠快速、準(zhǔn)確地測(cè)定這些結(jié)合親和力,并與文獻(xiàn)報(bào)道的值高度一致。

Table 1 的數(shù)據(jù)表明,cSPRING 和 dSPRING 在測(cè)量非共價(jià)相互作用的解離常數(shù)(Kd)時(shí)具有高度一致性和可靠性。cSPRING 以其快速、高效、節(jié)省樣品的特點(diǎn),特別適合高通量篩選和初步評(píng)估,而 dSPRING 則適合對(duì)單個(gè)體系進(jìn)行更詳細(xì)的分析。這些方法與傳統(tǒng)技術(shù)(如 SPR 和 ITC)的比較進(jìn)一步驗(yàn)證了 cSPRING 的實(shí)用性和準(zhǔn)確性。

為了進(jìn)一步突出定量篩選能力,研究人員在更短的毛細(xì)管上進(jìn)行 cSPRING 實(shí)驗(yàn),且無(wú)需額外的清洗步驟,這使得單個(gè)平衡解離常數(shù)(Kd)值的測(cè)量時(shí)間縮短至 45 秒(圖 4)。結(jié)果,對(duì)三種抑制劑進(jìn)行三次重復(fù)測(cè)量用時(shí)不到 7 分鐘,每種抑制劑僅消耗 4.2 微升指示劑溶液。
 

Figure 4 在更短的毛細(xì)管中進(jìn)行的 cSPRING 實(shí)驗(yàn),將單次測(cè)定平衡解離常數(shù)(Kd)的測(cè)量時(shí)間縮短至 45 秒。A - C 展示了三種不同抑制劑的 cSPRING 信號(hào),以及擬合得到的平衡解離常數(shù)(Kd)和流體動(dòng)力學(xué)半徑。盡管結(jié)果的準(zhǔn)確性降低,但定量讀數(shù)提供了有價(jià)值的信息,并且仍與先前報(bào)道的親和力相符。

cSPRING的優(yōu)勢(shì)

  1. cSPRING技術(shù)的核心優(yōu)勢(shì)在于其高通量、快速定量的能力。與傳統(tǒng)的滴定方法相比,顯著提高了實(shí)驗(yàn)效率,由于該方法僅使用兩個(gè)樣品,樣品制備時(shí)間縮短為原來(lái)的八分之一。這為在 96 孔板中定量篩選大量小分子文庫(kù)騰出了空間。例如,兩個(gè) 96 孔板足以測(cè)定 150 多個(gè)平衡解離常數(shù)(Kd),而采用離散實(shí)驗(yàn)設(shè)置則需要 1500 多個(gè)孔,需要大量的樣品制備工作和相當(dāng)多的樣品量。
  2. cSPRING技術(shù)對(duì)樣品的需求極低,僅需納克級(jí)的蛋白質(zhì),這對(duì)于珍貴或難以獲取的樣品具有重要意義。
  3. cSPRING結(jié)合獨(dú)特的FIDA與光譜位移技術(shù),一方面可在毛細(xì)管中自動(dòng)創(chuàng)建連續(xù)的濃度梯度,避免了繁瑣的樣品準(zhǔn)備過(guò)程,另一方面可避免單獨(dú)光譜位移技術(shù)容易受到背景熒光偽影的影響,而 cSPRING 通過(guò)分析高斯信號(hào)峰下的面積消除了這個(gè)問題,使其不受背景效應(yīng)的影響。

結(jié)論
cSPRING技術(shù)以其高效、快速、精準(zhǔn)的特點(diǎn),為非共價(jià)相互作用的定量分析提供了一種全新的解決方案。它不僅大大減少了樣品準(zhǔn)備時(shí)間和實(shí)驗(yàn)成本,還能夠提供與傳統(tǒng)方法相媲美的準(zhǔn)確結(jié)果。對(duì)于藥物研發(fā)中的高通量篩選和定量分析,cSPRING無(wú)疑是一個(gè)極具潛力的工具。

參考文獻(xiàn)
Philipp Willmer et al. "Continuous Titration Based Method for Rapid In‐Solution Analysis of Non‐Covalent Interactions." Chemistry Methods 2025.

來(lái)源:普瑞麥迪(北京)實(shí)驗(yàn)室技術(shù)有限公司
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