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Nature Medicine文章:多組學(xué)技術(shù)解析CAR-T細(xì)胞治療中基因叛變機(jī)制

瀏覽次數(shù):344 發(fā)布日期:2025-2-25  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

原創(chuàng):K 來源:生物探索

引言
在醫(yī)學(xué)界被譽(yù)為"活體藥物"的CAR-T細(xì)胞療法,正遭遇前所未有的信任危機(jī)。2月21日《Nature Medicine》披露的這項(xiàng)突破性研究“Multiomic profiling of T cell lymphoma after therapy with anti-BCMA CAR T cells and GPRC5D-directed bispecific antibody”,揭開了免疫治療最隱秘的基因暗戰(zhàn)——研究人員首次捕捉到經(jīng)過基因改造的T細(xì)胞"黑化"全過程,這些本應(yīng)精準(zhǔn)獵殺癌細(xì)胞的"生物導(dǎo)彈",竟在患者體內(nèi)演變成致命腫瘤的制造者。該研究追蹤了一位63歲多發(fā)性骨髓瘤患者的治療歷程:在接受靶向BCMA的Cilta-cel CAR-T療法后,他先經(jīng)歷了癌細(xì)胞清零的醫(yī)學(xué)奇跡,卻在9個(gè)月后面臨更兇險(xiǎn)的外周T細(xì)胞淋巴瘤。通過單細(xì)胞測(cè)序、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)等技術(shù),研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)這些"叛變"的CAR-T細(xì)胞暗藏雙重殺機(jī)——既攜帶治療時(shí)植入的腫瘤識(shí)別程序,又獲得TET2基因突變和克隆造血的"進(jìn)化加成",最終突破人體最后的防御機(jī)制。更令人震驚的是,這些惡性細(xì)胞竟能穿越皮膚、腸道多重屏障,形成立體攻勢(shì)。這項(xiàng)研究猶如投進(jìn)醫(yī)學(xué)界的深水炸彈:它不僅是全球首例全程追蹤的CAR-T致瘤案例,更揭示了基因編輯療法可能觸發(fā)的"完美風(fēng)暴"——當(dāng)DNA修復(fù)缺陷(CHEK2突變)、表觀遺傳失控(TET2缺失)與慢性抗原刺激相遇,即便最先進(jìn)的抗癌武器也可能倒戈相向。在CAR-T治療進(jìn)入早期應(yīng)用階段的今天,這項(xiàng)發(fā)現(xiàn)為醫(yī)學(xué)界敲響警鐘,也開啟了精準(zhǔn)監(jiān)控基因治療安全性的新紀(jì)元。

2月21日《自然醫(yī)學(xué)》披露的特殊病例引發(fā)全球關(guān)注:一位接受CAR-T治療的多發(fā)性骨髓瘤患者,竟在9個(gè)月后遭遇外周T細(xì)胞淋巴瘤的突襲。這場(chǎng)抗癌療法引發(fā)的"細(xì)胞叛變",揭開了現(xiàn)代免疫治療最隱秘的基因暗戰(zhàn)。

CAR-T療法:抗癌新星的雙面刃
嵌合抗原受體T細(xì)胞(CAR-T)療法自2017年獲批以來,已成功將B細(xì)胞成熟抗原(BCMA)靶向治療帶入臨床,使復(fù)發(fā)/難治性多發(fā)性骨髓瘤(RRMM)的緩解率突破70%。這項(xiàng)技術(shù)通過基因改造患者的T細(xì)胞,使其裝備"腫瘤GPS"——特異性識(shí)別癌細(xì)胞的嵌合受體。

但2024年FDA不良事件報(bào)告系統(tǒng)顯示,536例接受CAR-T治療的患者中,有17例(3.2%)出現(xiàn)了T細(xì)胞惡性腫瘤。該案例中的63歲男性患者,在第五線治療中接受靶向BCMA的Cilta-cel CAR-T后,盡管初期完全緩解,卻在后續(xù)治療中遭遇了意想不到的基因叛變。

細(xì)胞叛變時(shí)間線:治療后的"定時(shí)炸彈"
患者在CAR-T輸注后經(jīng)歷了典型治療反應(yīng):
第3周:完全緩解
第7月:血清學(xué)復(fù)發(fā),CAR-T拷貝數(shù)降至1.5×10^6/百萬白細(xì)胞
第9月:突發(fā)皮膚結(jié)節(jié),病理證實(shí)為CD8+ T細(xì)胞浸潤(rùn),Ki-67增殖指數(shù)高達(dá)70%
第12月:腸道出現(xiàn)Granzyme B陽性的克隆T細(xì)胞

空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示驚人發(fā)現(xiàn):皮膚病變中檢測(cè)到攜帶CAR基因的T細(xì)胞克隆,這些"叛變者"同時(shí)保留著原始治療時(shí)的基因改造痕跡。

基因風(fēng)暴中心:TET2突變的蝴蝶效應(yīng)
全基因組測(cè)序(WGS)揭開了基因?qū)用娴耐昝里L(fēng)暴:
CHEK2胚系突變:DNA損傷修復(fù)基因的先天缺陷,埋下基因組不穩(wěn)定的種子
TET2雙重打擊:初始VAF(變異等位基因頻率)10%的截短突變(p.R544*);治療后出現(xiàn)730kb的染色體4q24區(qū)缺失,導(dǎo)致雜合性丟失(LOH)

JAK1意外突變:雖未發(fā)生在經(jīng)典的假激酶域,但仍可能影響信號(hào)傳導(dǎo)
這就像在細(xì)胞基因組的"控制中心"安裝了三重保險(xiǎn)失效裝置:DNA修復(fù)失靈→表觀遺傳失控→信號(hào)通路異常,最終引爆T細(xì)胞惡性增殖。

克隆戰(zhàn)爭(zhēng):兩大叛軍的前世今生
單細(xì)胞測(cè)序捕捉到兩個(gè)"叛變軍團(tuán)"的進(jìn)化軌跡:
克隆1_3軍團(tuán)
特征:CD5/CD7丟失,呈現(xiàn)T大顆粒淋巴細(xì)胞白血。═-LGLL)表型
基因特征:HLA-II類基因過表達(dá),LAG3抑制信號(hào)失活
皮膚浸潤(rùn)主力:占病變區(qū)域75%的T細(xì)胞
克隆2軍團(tuán)
特征:KPNA4基因內(nèi)含子的CAR整合
行為模式:對(duì)地塞米松敏感,治療后占比從52%降至38%
特殊技能:PRR5L剪接突變可能激活mTOR通路
這兩支克隆如同擁有不同戰(zhàn)術(shù)的叛軍:前者擅長(zhǎng)組織滲透,后者精于信號(hào)劫持,共同演繹著基因?qū)用娴?quot;權(quán)力游戲"。

治療悖論:地塞米松的雙刃劍
糖皮質(zhì)激素的介入展現(xiàn)出戲劇性效果:
臨床癥狀:皮膚病灶完全消退,腸道癥狀緩解
克隆動(dòng)態(tài):克隆1_3占比從25%升至38%,呈現(xiàn)"鎮(zhèn)壓-反彈"現(xiàn)象
基因表達(dá):治療后克隆2的耗竭特征基因(如HAVCR2)上調(diào)3.2倍
這揭示了一個(gè)治療困局:激素雖能暫時(shí)壓制癥狀,卻可能篩選出更具侵襲性的克隆亞群,如同撲滅明火卻助長(zhǎng)暗火。

現(xiàn)代啟示錄:免疫治療的基因暗礁
克隆造血(CHIP)預(yù)警:治療前檢測(cè)TET2等基因突變,或成風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)關(guān)鍵
整合位點(diǎn)監(jiān)測(cè):ZGPAT、KPNA4等基因內(nèi)含子區(qū)域的CAR整合需重點(diǎn)監(jiān)控
序貫治療風(fēng)險(xiǎn):CAR-T后接續(xù)雙特異性抗體(如GPRC5D×CD3)可能加劇T細(xì)胞耗竭
研究團(tuán)隊(duì)建議:對(duì)接受多線免疫治療的患者,建立包含單細(xì)胞測(cè)序和液體活檢的動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)體系,捕捉早期克隆演變信號(hào)。

未來戰(zhàn)場(chǎng):精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的攻防之道
基因防火墻:開發(fā)整合Safe Harbor位點(diǎn)的第四代CAR載體
智能開關(guān):引入可調(diào)控的自殺基因系統(tǒng)(如iCasp9)
克隆清道夫:針對(duì)TET2突變開發(fā)表觀遺傳調(diào)節(jié)劑
預(yù)測(cè)算法:基于機(jī)器學(xué)習(xí)建立克隆演化風(fēng)險(xiǎn)模型
如同為CAR-T細(xì)胞安裝"基因剎車",未來療法需要在抗癌效力與基因安全間找到精妙平衡。

這項(xiàng)研究猶如投進(jìn)免疫治療深湖的巨石:當(dāng)我們?cè)诨驅(qū)用?quot;重新編程"免疫細(xì)胞時(shí),也在與細(xì)胞進(jìn)化數(shù)百萬年的生存本能博弈。

每個(gè)CAR-T細(xì)胞都承載著治愈的希望與叛變的可能,而研究人員的使命,就是在基因的鋼絲上走出精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的平衡之道。

這場(chǎng)細(xì)胞層面的"諜戰(zhàn)"提醒我們:征服癌癥,既需要大膽創(chuàng)新的勇氣,更要有敬畏生命的謹(jǐn)慎。

參考文獻(xiàn)
Braun T, Rade M, Merz M, Klepzig H, Große F, Fandrei D, Pham NN, Kreuz M, Kuhn CK, Kuschel F, Löffler D, Meinel J, Heger E, Schweinsberg V, Pflug N, Platzbecker U, Hallek M, Holtick U, Köhl U, Scheid C, Reiche K, Herling M, Richardson T. Multiomic profiling of T cell lymphoma after therapy with anti-BCMA CAR T cells and GPRC5D-directed bispecific antibody. Nat Med. 2025 Feb 21. doi: 10.1038/s41591-025-03499-9. Epub ahead of print. PMID: 39984633.

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