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PCR進(jìn)階:GC-Rich片段的擴(kuò)增策略詳解

瀏覽次數(shù):1777 發(fā)布日期:2024-9-23  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

前言

PCR擴(kuò)增不出來?xiàng)l帶的原因有很多,諸如引物設(shè)計(jì)有誤,DNA模板已降解,酶失活或者有雜酶污染,緩沖液條件不當(dāng),模板DNA的GC含量太高等等。大部分原因可以通過換試劑得到解決,但是對(duì)于高GC含量的樣本,擴(kuò)增起來始終是有難度。

模板GC含量高就難以擴(kuò)增的原因在于G、C之間形成三對(duì)氫鍵,解鏈所需能量較高,故模板較難打開,在常規(guī)變性溫度下,DNA模板變性不完全,同時(shí)由于單鏈的G+C豐富區(qū)易于自身互補(bǔ)配對(duì)形成穩(wěn)定的發(fā)夾環(huán)二級(jí)結(jié)構(gòu),而使PCR引物難以結(jié)合到模板上。

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目前,研究學(xué)者建立了各種不同的方法來解決高GC含量DNA模板擴(kuò)增困難的問題。常用的方法包括:

1、添加增強(qiáng)劑,如甘油、DMSO等,有助于打開復(fù)雜二級(jí)結(jié)構(gòu);

2、提高變性溫度,比如96度5分鐘然后再加熱啟動(dòng)酶;

3、降落PCR,在PCR循環(huán)過程中逐步降低退火溫度,從而在初始階段提高退火溫度, 減少非特異性結(jié)合,提高特異性擴(kuò)增;

4、提高PCR擴(kuò)增儀的瞬時(shí)功率,利用更大的能量打開DNA的二級(jí)結(jié)構(gòu),從而提高PCR反應(yīng)的效率‌。

PCR技術(shù)不斷發(fā)展, 高功率PCR擴(kuò)增儀已作為一項(xiàng)新型技術(shù),逐漸被應(yīng)用于解決GC含量高的DNA模板擴(kuò)增難題。這種儀器通過提供更強(qiáng)的熱循環(huán)能力,能夠有效地打開DNA的二級(jí)結(jié)構(gòu),特別適合于高GC含量的樣本擴(kuò)增。

艾普拜生物重磅推出精衛(wèi)自動(dòng)PCR儀, 瞬時(shí)功率可達(dá)750W, 不僅提高了復(fù)雜樣本擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)的成功率,還大大縮短了實(shí)驗(yàn)時(shí)間,為研究人員提供了強(qiáng)而有力的科研工具。

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精衛(wèi)自動(dòng)PCR儀的優(yōu)勢(shì):

1、更高效的熱循環(huán): 高功率可以減少達(dá)到變性溫度所需的時(shí)間,使模板能夠充分變性,為后續(xù)的引物結(jié)合和延伸步驟創(chuàng)造良好條件。

2、均勻的熱傳遞: 高功率 PCR 儀能夠提供更均勻的加熱,避免部分模板無法完全變性或引物結(jié)合不充分導(dǎo)致擴(kuò)增不成功,提高反應(yīng)的穩(wěn)定性和重復(fù)性。

3、適應(yīng)高難度的PCR反應(yīng): 在一些特殊的 PCR 應(yīng)用中,如長(zhǎng)片段DNA 、高 GC 含量的樣本擴(kuò)增、復(fù)雜二級(jí)結(jié)構(gòu)等。

4、減少溫度波動(dòng): 對(duì)于高 GC 含量的模板,溫度的微小波動(dòng)可能會(huì)影響 DNA 雙鏈的穩(wěn)定性和引物的結(jié)合效率,高功率 PCR 儀可以更好地維持溫度的穩(wěn)定性,保證高 GC 片段的順利擴(kuò)增。

應(yīng)用案例:

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儀器:Kingwell 96,高GC含量,反應(yīng)體系:10ul

來源:艾普拜生物科技(蘇州)有限公司
聯(lián)系電話:0512--86860010
E-mail:info@aperbio.com

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