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一文攬盡:熒光定量PCR擴(kuò)增曲線哪個(gè)階段最重要

瀏覽次數(shù):6643 發(fā)布日期:2021-11-17  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

qPCR擴(kuò)增曲線一般分成四個(gè)階段:基線期、指數(shù)期、線性期和平臺(tái)期。那么每個(gè)階段PCR產(chǎn)物量的變化都有什么區(qū)別呢?哪個(gè)階段最重要呢?小編這就一一道來(lái)。

基線期

PCR起始時(shí),剛開(kāi)始前幾個(gè)循環(huán)的熒光信號(hào)還沒(méi)有發(fā)生變化,接近一條直線,將其稱之為基線,一般是3-15個(gè)循環(huán)。在基線期內(nèi),擴(kuò)增的熒光信號(hào)被背景熒光信號(hào)所掩蓋,無(wú)法判斷PCR產(chǎn)物量的變化。

指數(shù)期

擴(kuò)增的熒光信號(hào)高于背景熒光信號(hào),擴(kuò)增曲線起峰,開(kāi)始進(jìn)入指數(shù)期。在指數(shù)期內(nèi),每個(gè)循環(huán)積聚的產(chǎn)物準(zhǔn)確加倍(假定100%反應(yīng)效率)。該階段的PCR反應(yīng)具有高度特異性和精確度。因?yàn)樗性噭┚渥,反?yīng)的動(dòng)力學(xué)推動(dòng)反應(yīng)有利于擴(kuò)增子加倍,所以產(chǎn)物出現(xiàn)指數(shù)級(jí)擴(kuò)增。只有在這個(gè)階段,Cq值與初始模板量的對(duì)數(shù)之間存在線性關(guān)系,所以在此階段進(jìn)行定量分析最合適。

線性期(高變異性)

隨著PCR反應(yīng)體系各成分的消耗,其中的一種或者多種成分限制反應(yīng),導(dǎo)致反應(yīng)開(kāi)始減緩,并且每個(gè)循環(huán)的PCR產(chǎn)物不再加倍,該階段不再是指數(shù)級(jí)擴(kuò)增。

平臺(tái)期

反應(yīng)停止,不再產(chǎn)生更多產(chǎn)物,并且如果放置時(shí)間夠長(zhǎng),PCR產(chǎn)物將開(kāi)始降解。因?yàn)槊總(gè)樣品具有不同的反應(yīng)動(dòng)力學(xué),所以每支試管或每個(gè)反應(yīng)將在不同的時(shí)間點(diǎn)進(jìn)入平臺(tái)期,最終的產(chǎn)物含量也各不相同。

由于線性期和平臺(tái)期的擴(kuò)增產(chǎn)物已不再呈指數(shù)級(jí)的增加,PCR的產(chǎn)物量與初始模板量之間沒(méi)有線性關(guān)系,所以也不能通過(guò)這兩個(gè)階段的PCR產(chǎn)物量計(jì)算出初始模板量。想要知道初始模板量的多少,還要依賴指數(shù)期的Cq值進(jìn)行計(jì)算。

▲ 圖1. qPCR 反應(yīng)的重要階段
 

如圖所示,標(biāo)準(zhǔn)的擴(kuò)增曲線是呈現(xiàn)S型的。曲線是否符合標(biāo)準(zhǔn),不僅跟樣本起始量、qPCR體系配制、反應(yīng)程序等相關(guān),更依賴于一套高品質(zhì)的實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)。對(duì)于實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)來(lái)說(shuō),高度檢測(cè)靈敏度、高度重復(fù)性和高度穩(wěn)定性,是每一臺(tái)qPCR儀的追求。

高性能的Azure Cielo™實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)完全符合以上要求,該系統(tǒng)來(lái)自美國(guó)Azure Biosystems公司,融合了高品質(zhì)的帕爾特溫度模塊和基于光纖傳輸?shù)墓鈱W(xué)檢測(cè)系統(tǒng),為您的科學(xué)研究提供高精準(zhǔn)、高靈敏可靠結(jié)果。提供Azure Cielo-3通道和Azure Cielo-6通道,可根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求靈活配置。

同時(shí)配有10.3”觸控系統(tǒng),主機(jī)本身可獨(dú)立運(yùn)行、連接、遠(yuǎn)程交互,讓您隨時(shí)隨地知悉實(shí)驗(yàn)進(jìn)程和及時(shí)獲得實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

▲ 圖2. Azure Cielo™ 實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)

高度的靈敏度

使用探針?lè),同時(shí)在Azure Cielo™實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)和其他品牌產(chǎn)品上檢測(cè)GAPDH基因,結(jié)果表明:A)Azure Cielo™實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)對(duì)單拷貝基因的檢出率更高。B)Azure Cielo™實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)的Cq平均值要低于2個(gè)Cq。

▲ 圖3. 單拷貝基因檢測(cè)對(duì)比(n=96)

高度的重復(fù)性

源于優(yōu)異的孔間均一性。105拷貝數(shù)GAPDH模板,GAPDH引物擴(kuò)增,96孔重復(fù)結(jié)果。Cq平均值=19.1,變異系數(shù)(Cv)=0.002。

▲ 圖4. 96孔重復(fù)擴(kuò)增曲線   A)線性圖  B)對(duì)數(shù)圖

高度的穩(wěn)定性

穩(wěn)定可靠的溫度模塊和光學(xué)系統(tǒng),確保儀器連續(xù)運(yùn)行1000輪qPCR實(shí)驗(yàn),數(shù)據(jù)依然穩(wěn)定可靠,重復(fù)性高度一致。對(duì)GAPDH進(jìn)行檢測(cè)并連續(xù)計(jì)算Cq值得出平均值和Cq值的標(biāo)準(zhǔn)偏差。Cq值=22.4+0.01。

▲ 圖5. 長(zhǎng)時(shí)間連續(xù)工作數(shù)據(jù)穩(wěn)定

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