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Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)在檢測單拷貝DNA的應用

瀏覽次數(shù):2047 發(fā)布日期:2021-1-5  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

 

介紹:

Azure Cielo™ 3和Cielo™ 6 實時熒光定量PCR系統(tǒng)具有卓越的靈敏度。該系統(tǒng)配置新型的高性能光學系統(tǒng),采用16組光纖單孔掃描設計,一根光纖用于高能LED激發(fā),另一根用于光信號檢測,可16孔同時采集(圖1)。特殊的激發(fā)/發(fā)射方式保證單孔掃描時僅激發(fā)一個孔,光纖傳導也有效消除光散射,完全避免孔外區(qū)域的激發(fā),減少背景噪聲的來源,以便更靈敏的檢測。

同時Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)采用“全孔檢測”技術,每個孔可采集大約100,000個數(shù)據(jù)點。檢測時取讀數(shù)的平均值,精準測定每個孔的熒光強度。這種“全孔檢測”為每個采集時間點提供了比單孔掃描系統(tǒng)更準確的數(shù)據(jù),因為單孔掃描系統(tǒng)僅僅采集少量的數(shù)據(jù)點。

如何可靠地檢測低拷貝數(shù)的靶標呢?首先要考慮引物和探針的特異性,這會直接影響qPCR檢測能力的高低,其次考慮靈敏度,即當探針信號高于背景噪聲時儀器檢測的靈敏度。在其他的反應成分相同的情況下,更高靈敏度的儀器可以更早的檢測到信號或得到更小的Cq值。為了證明Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)在低拷貝數(shù)的靶標檢測中的靈敏度和重復性,進行了單拷貝靶標DNA的擴增實驗。

方法:

配制20µl反應體系,利用單拷貝DNA為模板進行qPCR擴增。

分別在Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)和競爭產品的系統(tǒng)上運行兩次96孔板。使用每個儀器提供的軟件收集和分析數(shù)據(jù),以確定每個孔的Cq值。

結果與討論:

單拷貝DNA擴增結果發(fā)現(xiàn),在Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)中檢測到88個孔(92%)有熒光信號,競爭產品中檢測到77個孔(80%)(圖2A),結果表明,Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)提高了單拷貝擴增的檢測概率,這也反映了其檢測靈敏度更高。那么對于單拷貝DNA擴增來說,那些沒有熒光信號的孔可能是靶標DNA沒有進入到孔中,所以沒有檢測到熒光信號。

同時發(fā)現(xiàn),Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)測量的Cq平均值比競爭產品要早2個循環(huán)(Cq 36.39 vs 38.53)(圖2A)。并且Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)的Cq值SD小于競爭產品的值(0.91 vs 1.16),這進一步說明了Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)的檢測具有良好的重復性。

此外,將兩者的擴增曲線進行比較,發(fā)現(xiàn)在競爭產品上某些擴增曲線起峰較晚,擴增曲線起峰位置不一致(圖3B),Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)的擴增曲線起峰位置基本一致(圖3A)。這也說明了Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)高靈敏度的“全孔檢測”技術和多數(shù)據(jù)點的捕獲方式可以給您帶來真實可靠的擴增結果。

總的來說,隨著靶標DNA數(shù)量的減少,qPCR的可靠性也會逐漸降低,然而現(xiàn)代應用不斷突破這一技術的極限,對qPCR的性能提出了更高的要求。以上結果證明了Azure Cielo™實時熒光定量PCR系統(tǒng)具有卓越的靈敏度和可靠性,即使檢測單拷貝DNA分子,仍可獲得具有高度重復性的定量數(shù)據(jù)。

參考文獻:

1. Lockey C, Otto E, Long Z. Real-Time Fluorescence Detection of a Single DNA Molecule. BioTechniques. 1998; 24:744–746.

2. Stowers CC, Haselton FR, Boczko EM. An Analysis of Quantitative PCR Reliability Through Replicates Using the Ct Method. J Biomed Sci Eng. 2010;3(5):459-469.

3. Stadler J, Eder J, Pratscher B, et al. SNPase-ARMS qPCR: Ultrasensitive Mutation-Based Detection of Cell-Free Tumor DNA in Melanoma Patients. PLoS One. 2015;10(11):e0142273.

4. Tosiano MA, Jacobs JL, Shutt KA, et al. A Simpler and More Sensitive Single-Copy HIV-1 RNA Assay for Quantification of Persistent HIV-1 Viremia in Individuals on Suppressive Antiretroviral Therapy. J Clin Microbiol. 2019;57(3):e01714-e01718.

來源:艾普拜生物科技(蘇州)有限公司
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