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菌落計(jì)數(shù)創(chuàng)新技術(shù)(一):水平集活動(dòng)輪廓模型

瀏覽次數(shù):5114 發(fā)布日期:2013-7-26  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
    菌落計(jì)數(shù),是微生物實(shí)驗(yàn)中基本又耗時(shí)的一項(xiàng)操作。近年來,出現(xiàn)一些自動(dòng)菌落計(jì)數(shù)儀,為常規(guī)菌落檢測(cè)提供了方便。但對(duì)一些復(fù)雜情況,例如菌落表面皺褶嚴(yán)重、邊緣輪廓模糊、菌落顏色與培養(yǎng)基顏色非常接近、菌落生長(zhǎng)在含有網(wǎng)格的濾膜上等等(下圖1),一般菌落計(jì)數(shù)儀就無法實(shí)現(xiàn)計(jì)數(shù)統(tǒng)計(jì)。
    這是因?yàn),菌落?jì)數(shù)的核心問題,首先要將一個(gè)個(gè)菌落從培養(yǎng)基背景中分割提取出來,然后才能進(jìn)行計(jì)數(shù)。目前的分割技術(shù),主要是基于邊緣的分割方法和基于區(qū)域的分割方法兩類。基于邊緣的分割方法,如邊緣梯度法或通過霍夫變換的邊界檢測(cè)等,是根據(jù)菌落邊緣的梯度信息進(jìn)行檢測(cè);但對(duì)菌落邊緣模糊、表面凹凸梯度信息豐富的情況就完全不適用。基于區(qū)域的圖像分割法,常用的有閾值分割法,但對(duì)菌落顏色與培養(yǎng)基顏色非常接近的情況,是完全無能為力的。

圖1 復(fù)雜情況下的菌落圖像
    為解決上述復(fù)雜情況下的菌落統(tǒng)計(jì),迅數(shù)_科技團(tuán)隊(duì)歷經(jīng)兩年攻關(guān),在深入研究目前國(guó)際上最前沿的基于水平集活動(dòng)輪廓模型的圖像分割技術(shù)基礎(chǔ)上,結(jié)合具體問題進(jìn)行大膽嘗試、改進(jìn)和創(chuàng)新,終于成功開發(fā)出一系列針對(duì)不同菌落特點(diǎn)的分割統(tǒng)計(jì)方法。
1、基于水平集活動(dòng)輪廓模型的圖像分割方法
    基于水平集活動(dòng)輪廓模型的圖像分割方法,是將水平集方法和活動(dòng)輪廓模型結(jié)合起來,在極小化能量泛函的過程中活動(dòng)輪廓不斷逼近分割目標(biāo),直到活動(dòng)輪廓線停止進(jìn)化時(shí)分割完成。由于該方法具有抗噪性強(qiáng)、數(shù)值求解穩(wěn)定性好、分割邊界光滑連續(xù)、可以處理拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)復(fù)雜的情況等優(yōu)點(diǎn),成為目前國(guó)際上最前沿的圖像分割技術(shù)之一。
    該方法的基本原理,是把曲線或曲面嵌入高一維水平集函數(shù)中,用一個(gè)高維函數(shù)來表達(dá)低維曲線或曲面的演化過程(下圖2)。

      圖2 水平集活動(dòng)輪廓模型的基本原理
    建立具有閉合曲線長(zhǎng)度和面積平滑約束項(xiàng)的二維能量泛函(即CV模型):
                         
    上式中,I(x,y)是圖像中各象素點(diǎn)的灰度、cocb分別是菌落輪廓線內(nèi)部和外部的平均灰度值。上式的前兩項(xiàng)用于控制菌落輪廓曲線的光滑性,后兩項(xiàng)驅(qū)動(dòng)該輪廓線向?qū)嶋H菌落輪廓收縮,極小化該能量泛函即完成對(duì)菌落圖像的分隔。
2、水平集活動(dòng)輪廓模型的快速算法
    基于CV模型的圖像分割方法,具有抗噪性強(qiáng)、分割邊界光滑連續(xù)、可以處理結(jié)構(gòu)復(fù)雜的情況等優(yōu)點(diǎn)。但在實(shí)際應(yīng)用中存在一個(gè)重要問題,就是計(jì)算速度慢。傳統(tǒng)的水平集活動(dòng)輪廓模型分割方法,由于涉及水平集函數(shù)的構(gòu)造、以及每次迭代都需要求解偏微分方程,導(dǎo)致運(yùn)算量大、計(jì)算速度極慢,難以實(shí)際采用。為此,迅數(shù)_科技團(tuán)隊(duì)首先研究解決CV模型的計(jì)算速度問題。
    定義圖像離散網(wǎng)格區(qū)域?yàn)?I>D,目標(biāo)區(qū)域?yàn)棣,背景區(qū)域?yàn)?I>D\Ω,網(wǎng)格點(diǎn)x=(x1,x2)∈Ω。定義兩個(gè)鏈表,內(nèi)部區(qū)域鄰接鏈表(Lin)和外部區(qū)域鄰接鏈表(Lout),用于表示輪廓線如下:
                             
                              
    其中是點(diǎn)x的4鄰域點(diǎn)。當(dāng)輪廓線C確定下來,鏈表LinLout也唯一確定,如圖3所示。比較圖3(a)和3(b),當(dāng)點(diǎn)A從鏈表Lout移到鏈表Lin后,點(diǎn)A由外部區(qū)域點(diǎn)(exterior point)變?yōu)閮?nèi)部區(qū)域點(diǎn)(interior point),輪廓線在A點(diǎn)向外擴(kuò)展了一個(gè)像素點(diǎn),實(shí)現(xiàn)了曲線的演化。同理B點(diǎn)從鏈表Lin中移到鏈表Lout中,即實(shí)現(xiàn)曲線的收縮。這一快速曲線演化方法,無需求解PDE,計(jì)算速度大大提高。

                              
圖3 快速水平集演化示意圖
3、表面皺褶霉菌的分割效果
    圖4顯示了對(duì)霉菌采用不同分割的不同效果。其中,圖4-a是霉菌的原圖,其表面皺褶邊緣毛糙。圖4-b是采用傳統(tǒng)的閾值分割法所得到的分割結(jié)果,由于其表面毛糙從而灰度分布不均勻、邊緣毛糙不連續(xù),導(dǎo)致分割效果很差。圖4-c是采用迅數(shù)科技研發(fā)的基于水平集活動(dòng)輪廓模型快速算法的分割效果,這種算法特別適合目標(biāo)內(nèi)部復(fù)雜的情況,而且活動(dòng)輪廓的收縮光滑度可以控制,從而取得理想的效果。
 

圖4 單體霉菌的不同分割效果
    圖6顯示的平皿上有多個(gè)霉菌,而傳統(tǒng)的水平集活動(dòng)輪廓模型無法實(shí)現(xiàn)對(duì)多個(gè)目標(biāo)的分割。為此,迅數(shù)科技研究開發(fā)了多相水平集快速活動(dòng)輪廓模型算法。
    首先利用單水平集模型進(jìn)行預(yù)分割,然后對(duì)單個(gè)水平集區(qū)域進(jìn)行分裂得到多個(gè)水平集區(qū)域,最后利用快速模型精確分割每個(gè)霉菌。針對(duì)多個(gè)不粘連霉菌和多個(gè)粘連霉菌,分別采用八鏈碼輪廓跟蹤法和隨機(jī)霍夫圓檢測(cè)法對(duì)單水平集區(qū)域進(jìn)行分裂操作。實(shí)踐表明,該方法可以準(zhǔn)確、快速的分割多個(gè)不粘連和多個(gè)粘連的霉菌。
    多相水平集分割算法的能量泛函為:
                         
    其運(yùn)算過程如圖5所示:
 

圖5 多區(qū)域水平集示圖
    采用多相水平集快速活動(dòng)輪廓模型算法,對(duì)圖6所示的多個(gè)霉菌進(jìn)行分割,其結(jié)果如圖6所示。其中,圖6-a是多霉菌平皿原圖,不僅表面皺褶邊緣毛糙,而且霉菌數(shù)量多。圖6-b是采用傳統(tǒng)的閾值分割法所得到的分割結(jié)果,由于其表面毛糙從而灰度分布不均勻、邊緣毛糙不連續(xù),導(dǎo)致分割效果很差。圖6-c是采用迅數(shù)科技研發(fā)的基于多相水平集活動(dòng)輪廓模型快速算法的分割效果,除了部分霉菌粘連非常嚴(yán)重導(dǎo)致沒有區(qū)分開之外,絕大多數(shù)霉菌得到良好的分割。

  

圖6多個(gè)霉菌的不同分割效果


4、展望
    基于水平集活動(dòng)輪廓模型的圖像分割方法,具有抗噪性強(qiáng)、數(shù)值求解穩(wěn)定性好、分割邊界光滑連續(xù)、可以處理拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)復(fù)雜的情況等優(yōu)點(diǎn),成為目前國(guó)際上最前沿的圖像分割技術(shù)之一。迅數(shù)科技研發(fā)團(tuán)隊(duì),歷經(jīng)兩年多的攻關(guān),不僅掌握了這一先進(jìn)技術(shù),而且針對(duì)微生物菌落的特點(diǎn),在傳統(tǒng)的水平集活動(dòng)輪廓模型的基礎(chǔ)上,創(chuàng)造性的研究開發(fā)出適合復(fù)雜菌落分割計(jì)數(shù)的快速活動(dòng)輪廓模型、多相水平集活動(dòng)輪廓模型等先進(jìn)的圖像分割技術(shù),實(shí)現(xiàn)了復(fù)雜菌落、高難度平皿的準(zhǔn)確統(tǒng)計(jì)計(jì)數(shù)。

                                                                                                           杭州迅數(shù)科技有限公司 研發(fā)部 
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