•  Ct 值：是指每個(gè)反應(yīng)管內(nèi)的熒光信號(hào)到達(dá)設(shè)定的域值時(shí)所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)（如下圖所示）。

熒光定量PCR應(yīng)用廣泛 

•  可以對(duì)各種基因的表達(dá)進(jìn)行定量分析，如：同一基因在不同組織中的表達(dá)差異、同一基因在不同藥物處理后的表達(dá)差異、轉(zhuǎn)基因食品的檢測(cè)。過(guò)去最常用的高通量篩選基因表達(dá)差異的技術(shù)是 cDNA 芯片和差異顯示，但這兩種技術(shù)的缺點(diǎn)是只能定性而非完整意義上的定量分析。實(shí)時(shí) PCR 技術(shù)和高通道實(shí)時(shí) PCR 儀的出現(xiàn)，無(wú)疑為這種檢測(cè)提供了極大的方便。 

•  可以進(jìn)行點(diǎn)突變分析和等位基因分析，用不同的熒光報(bào)告基團(tuán)標(biāo)記 Taqman 探針，然后分別與野生型和突變型雜交，如果一種熒光信號(hào)明顯強(qiáng)于另一種熒光信號(hào)，則表明它是純合子；如果兩種熒光信號(hào)都明顯增強(qiáng)，則表明它是雜合子。另外分子信標(biāo)（ Molecular Beacon ）就是專(zhuān)門(mén)為這種技術(shù)設(shè)計(jì)的探針。 

•  可以進(jìn)行單核苷酸多態(tài)性的分析，檢測(cè)單核苷酸多態(tài)性對(duì)于研究個(gè)體對(duì)不同疾病的易感性或者個(gè)體對(duì)特定藥物的不同反應(yīng)有著重要的意義，因分子信標(biāo)結(jié)構(gòu)的巧妙性，一旦 SNP 的序列信息是已知的，采用這種技術(shù)進(jìn)行高通量的 SNP 檢測(cè)將會(huì)變得簡(jiǎn)單而準(zhǔn)確。 

•  可以進(jìn)行 DNA 甲基化檢測(cè)， DNA 甲基化同人類(lèi)的許多疾病有關(guān)，特別是癌癥， Laird 報(bào)道了一種稱(chēng)作 Methylight 的技術(shù)，在擴(kuò)增之前先處理 DNA ，使得未甲基化的胞嘧啶變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不受影響，用特異性的引物和 Taqman 探針來(lái)區(qū)分甲基化和非甲基化的 DNA ，這種方法不僅方便而且靈敏度更高。 

•  對(duì)傳染性疾病進(jìn)行定量定性分析，這在我國(guó)應(yīng)用比較廣泛，大家比較熟悉。許多生產(chǎn)臨床 PCR 試劑的廠(chǎng)商已經(jīng)陸續(xù)推出了一系列的診斷試劑，如：肝炎系列、性病系列、腫瘤系列等等。