云序全國首發(fā)重磅新服務(wù)eccDNA甲基化測序
近年來，eccDNA（染色體外環(huán)狀DNA）連登《Nature》《Cell》等期刊，徹底顛覆了人們對基因遺傳的傳統(tǒng)認知，成為了具有潛力的科研新熱點。
近期，NIPT之父盧煜明教授基于轉(zhuǎn)座酶和m5C位點酶學(xué)轉(zhuǎn)化方法開發(fā)出了eccDNA甲基化測序技術(shù)，并揭示了孕婦血漿中的胎兒eccDNA甲基化狀況，為eccDNA的深入研究及新型分子標志物的開發(fā)提供了新的技術(shù)手段。
作為國內(nèi)提供eccDNA測序服務(wù)的公司，云序生物一直是eccDNA領(lǐng)域的領(lǐng)跑者。通過嚴謹?shù)募夹g(shù)開發(fā)和質(zhì)控，云序正式全國首發(fā)eccDNA甲基化測序服務(wù)！
A.技術(shù)優(yōu)勢
1.一箭雙雕：同時檢測eccDNA及其甲基化狀況，節(jié)約樣品，性價比高
2.單堿基分辨的eccDNA甲基化分析
B.eccDNA甲基化測序流程
1.EccDNA富集：通過核酸外切酶 V 消化等手段，去除樣品中的線性DNA，從而達到富集eccDNA的目的。
2.加接頭：通過轉(zhuǎn)座酶打開eccDNA的環(huán)形結(jié)構(gòu)，并在DNA片段的兩端加上接頭。
3.末端修復(fù)：通過Klenow酶修復(fù)轉(zhuǎn)座產(chǎn)物的末端缺口。
4.C-U轉(zhuǎn)化：通過溫和的酶轉(zhuǎn)化法，將未甲基化的胞嘧啶（C）高效地轉(zhuǎn)化為尿嘧啶（U）。
5.PCR擴增：對轉(zhuǎn)化后產(chǎn)物進行PCR擴增及純化。
6.上機測序：純化后文庫質(zhì)檢合格后進行上機測序。
C.eccDNA甲基化測序質(zhì)控（云序?qū)嵗?/strong>
實驗項目：血漿eccDNA甲基化測序
1.血漿cfDNA Qubit定量
通過Qubit熒光定量儀檢測摻入樣品DNA的特異熒光染料信號，從而對樣品進行精確定量。
對測序堿基質(zhì)量(Q30)，Read及C-U轉(zhuǎn)化率進行統(tǒng)計。
通過軟件識別eccDNA的染色體坐標，長度及表達量
ecc_chr: eccDNA的染色體
ecc_start: eccDNA的起始位點
ecc_end: eccDNA的終止位點
ecc_location: eccDNA的染色體坐標
ecc_length: eccDNA的長度
T1，T2: 不同樣品中某個eccDNA對應(yīng)的原始split reads數(shù)目
Meth_Level_T1,T2: 不同樣品中某個eccDNA的甲基化水平
2.eccDNA的基因注釋
對eccDNA所在位置的蛋白編碼基因的位置，基因名，基因ID等信息進行注釋
chr, start, end: eccDNA所在區(qū)域的蛋白編碼基因的基因組位置信息
gene_id: eccDNA所在區(qū)域的蛋白編碼基因的gene ID
3.eccDNA長度分布圖
eccDNA的長度分布圖表明：eccDNA在兩個區(qū)域富集，一是~200bp的區(qū)域，另一個是300-450bp的區(qū)域。
4.eccDNA甲基化水平統(tǒng)計
不同功能區(qū)域的eccDNA的甲基化水平統(tǒng)計
E.eccDNA甲基化測序樣品要求
cfDNA: > 50 ng
血漿：> 5 mL
細胞：> 2 x 107
組織：> 100 mg
其他樣品類型咨詢021-64878766當(dāng)?shù)劁N售
相關(guān)產(chǎn)品
eccDNA測序
eccDNA qPCR驗證
eccDNA sanger測序
全轉(zhuǎn)錄組測序
ATAC測序
ChIP測序
全基因組測序
近期，NIPT之父盧煜明教授基于轉(zhuǎn)座酶和m5C位點酶學(xué)轉(zhuǎn)化方法開發(fā)出了eccDNA甲基化測序技術(shù)，并揭示了孕婦血漿中的胎兒eccDNA甲基化狀況，為eccDNA的深入研究及新型分子標志物的開發(fā)提供了新的技術(shù)手段。
作為國內(nèi)提供eccDNA測序服務(wù)的公司，云序生物一直是eccDNA領(lǐng)域的領(lǐng)跑者。通過嚴謹?shù)募夹g(shù)開發(fā)和質(zhì)控，云序正式全國首發(fā)eccDNA甲基化測序服務(wù)！
A.技術(shù)優(yōu)勢
1.一箭雙雕：同時檢測eccDNA及其甲基化狀況，節(jié)約樣品，性價比高
2.單堿基分辨的eccDNA甲基化分析
B.eccDNA甲基化測序流程
1.EccDNA富集：通過核酸外切酶 V 消化等手段，去除樣品中的線性DNA，從而達到富集eccDNA的目的。
2.加接頭：通過轉(zhuǎn)座酶打開eccDNA的環(huán)形結(jié)構(gòu)，并在DNA片段的兩端加上接頭。
3.末端修復(fù)：通過Klenow酶修復(fù)轉(zhuǎn)座產(chǎn)物的末端缺口。
4.C-U轉(zhuǎn)化：通過溫和的酶轉(zhuǎn)化法，將未甲基化的胞嘧啶（C）高效地轉(zhuǎn)化為尿嘧啶（U）。
5.PCR擴增：對轉(zhuǎn)化后產(chǎn)物進行PCR擴增及純化。
6.上機測序：純化后文庫質(zhì)檢合格后進行上機測序。
圖1. 血漿eccDNA甲基化測序流程
C.eccDNA甲基化測序質(zhì)控（云序?qū)嵗?/strong>
實驗項目：血漿eccDNA甲基化測序
1.血漿cfDNA Qubit定量
通過Qubit熒光定量儀檢測摻入樣品DNA的特異熒光染料信號，從而對樣品進行精確定量。
2.文庫2100質(zhì)控
通過Agilent生物分析儀對測序文庫進行質(zhì)控。3.FastQC質(zhì)控
通過FastQC軟件進行測序數(shù)據(jù)質(zhì)控。
4.Read統(tǒng)計及轉(zhuǎn)化率
對測序堿基質(zhì)量(Q30)，Read及C-U轉(zhuǎn)化率進行統(tǒng)計。
D.eccDNA甲基化測序數(shù)據(jù)展示
1.eccDNA的識別及甲基化水平通過軟件識別eccDNA的染色體坐標，長度及表達量
ecc_chr: eccDNA的染色體
ecc_start: eccDNA的起始位點
ecc_end: eccDNA的終止位點
ecc_location: eccDNA的染色體坐標
ecc_length: eccDNA的長度
T1，T2: 不同樣品中某個eccDNA對應(yīng)的原始split reads數(shù)目
Meth_Level_T1,T2: 不同樣品中某個eccDNA的甲基化水平
2.eccDNA的基因注釋
對eccDNA所在位置的蛋白編碼基因的位置，基因名，基因ID等信息進行注釋
gene_id: eccDNA所在區(qū)域的蛋白編碼基因的gene ID
gene_name: eccDNA所在區(qū)域的蛋白編碼基因的基因名
strand: eccDNA所在區(qū)域的蛋白編碼基因所處的正負鏈信息
overlap: eccDNA與蛋白編碼基因的重疊區(qū)域3.eccDNA長度分布圖
eccDNA的長度分布圖表明：eccDNA在兩個區(qū)域富集，一是~200bp的區(qū)域，另一個是300-450bp的區(qū)域。
不同功能區(qū)域的eccDNA的甲基化水平統(tǒng)計
E.eccDNA甲基化測序樣品要求
cfDNA: > 50 ng
血漿：> 5 mL
細胞：> 2 x 107
組織：> 100 mg
其他樣品類型咨詢021-64878766當(dāng)?shù)劁N售
相關(guān)產(chǎn)品
eccDNA測序
eccDNA qPCR驗證
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